微生物免疫与血液安全组开展临床微生物、采供血机构和医疗机构输血科血液检测质量控制相关工作。目前运行的全国室间质评项目包括：临床微生物学（高级）、临床微生物学（中级）、抗酸染色项目、疾控中心细菌学检验、出入境检验检疫系统微生物学、酵母样真菌鉴定及药敏试验、围产期孕妇B群链球菌培养及核酸检测、碳青霉烯酶耐药的肠杆菌酶型基因型检测、耐万古霉素肠球菌基因型检测、耐苯唑西林金黄色葡萄球菌基因型检测、血液筛查血清学及丙氨酸氨基转移酶检测（HBsAg，HCV抗体，HIV抗体，梅毒抗体和ALT）、血型（ABO血型和Rh(D)血型）、血液筛查核酸检测（HBV DNA，HCV RNA和HIV RNA）、人类嗜T淋巴细胞病毒抗体（HTLV I/II抗体）等。此外，作为HTLV抗体监测的确认实验室负责指导全国血站开展HTLV抗体初筛反应性样本的确认工作。
微生物免疫与血液安全组一直致力于全国临床微生物实验室及全国采供血机构实验室的规范化和质量管理研究，主持制订《下呼吸道感染细菌培养操作指南》（WS/T 499）、《抗丝状真菌药物敏感性试验标准肉汤稀释法》（WS/T 411）、《抗酵母样真菌药物敏感性试验标准肉汤稀释法》（WS/T 421）。协助国家卫生健康委制订发布《血站操作技术规程（2015版）》、《血站操作技术规程（2019版）》、《单采血浆站实验室质量管理规范（2022版）》等，并指导血站规范建设核酸检测实验室。
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